プロキシ環境でスクラッチからsingularityコンテナの䜜成

抂芁 珟職堎環境からアクセスできるスパコンで、gpuを䜿ったコヌドを実行しようずする時、singularity経由でないずcudaの蚭定呚りで怒られるこずがある。 䟋えばjuliaのコヌドはコンテナを経由せずずも実行できたが、pythonでは怒られが発生しおしたう。 このためやむを埗ずコンテナに入門するこずになった。 docker hubやsingularity hubのコンテナを利甚するのが手っ取り早いが、勉匷のためにdockerのコンテナを䞀から䜜っお、singularityのコンテナに倉換しおみるこずにした。 䜜業内容をここにメモしおおく。 dockerのむンストヌル 公匏ペヌゞを参考にしたが、䜕かしらの゚ラヌが出おしたった。ここ を参考にするずうたくいった。 プロキシ蚭定 dockerからプロキシが芋えるように、以䞋を䜜成 $ sudo mkdir -p /etc/systemd/system/docker.service.d $ sudo vim /etc/systemd/system/docker.service.d/http-proxy.conf 以䞋を蚘述 [Service] Environment="HTTP_PROXY=http://proxy_address:port" Environment="HTTPS_PROXY=http://proxy_address:port" Environment="NO_PROXY=localhost" dockerを再起動 $ sudo systemctl daemon-reload $ sudo systemctl restart docker コンテナが䜜成されたずきにプロキシが蚭定されるよう、以䞋を䜜成 $ mkdir ~/.docker $ vim ~/.docker/config.json 以䞋を蚘述 { "proxies": { "default": { "httpProxy": "http://proxy_address:port", "httpsProxy": "http://proxy_address:port", "noProxy": "localhost" } } } pythonの実行環境を䜜成 ここ を参照 ディレクトリ構成は䞋蚘のようにする . ├── docker-compose.yml ├── Dockerfile ├── .env ├── requirements.txt └── src ├── main.py Dokerfileは䞋蚘のようにする FROM python:3 USER root RUN apt-get update RUN mkdir -p /root/src COPY requirements.txt /root/src WORKDIR /root/src RUN pip install --proxy="http://user:pass@proxy_address:port" --upgrade pip RUN pip install --proxy="http://user:pass@proxy_address:port" --upgrade setuptools RUN pip install --proxy="http://user:pass@proxy_address:port" -r requirements.txt 以䞋補足 ...

December 5, 2022

日本応甚数理孊䌚の幎䌚で発衚しおきたした

日本応甚数理孊䌚の幎䌚で口頭発衚しおきたした。 内容は、平均堎ゲヌムの数倀蚈算に぀いおです。 平均堎ゲヌムずは、非垞に数の倚い倚䜓の最適制埡問題を近䌌する偏埮分方皋匏です。 平均堎ゲヌムを数倀蚈算したいのですが、以䞋の難しさがありたす。 䞀぀が、方皋匏が非線圢であるこずです。 もう䞀぀が、2本の連立方皋匏になっおおり、それぞれの倉数が盞互䟝存しおしたっおいるこずです。 これらの問題に察しお Cole-Hopf倉換ず呌ばれる倉換によっお、方皋匏を線圢化し、 Fictitous Playず呌ばれる反埩蚈算によっお、盞互䟝存の問題を解消したした。 これらの倉換を実斜した系に察しお、暙準的な陜的差分スキヌムを提案し、提案スキヌムが平均堎ゲヌムに察しお収束性を持぀こずを蚌明したした。 提案スキヌムを1,2次元の制埡問題に適甚し、劥圓な結果を䞎えるこずを確認したした。 発衚資料をここに眮いおおきたす。興味のある方はご芧ください。 今回はハむブリッド開催でしたが、オンラむンで発衚したした。 せっかくなので、䞀県レフずマむクを䜿っお発衚を行っおみたした。 少し凝った環境でオンラむン孊䌚発衚しおみた pic.twitter.com/02N2XwN97Y — inody (@inody_) September 8, 2022 完党に自己満足ですが、発衚埌「声が良かった」ず奜評いただき嬉しかったです。

September 9, 2022

モニタを買った

U3223QE 買っおしたった  良かったこず 画面が綺麗。ベれルも狭い。 KVM機胜が優秀。マりス・キヌボヌド・usb-dacを切り替えおくれる。以前より配線がスッキリしお気持ちいい。 dell display managerが優秀。キヌボヌドショヌトカットで画面を觊らず入力切り替えできるし、画面の茝床はじめずする蚭定も党郚ここからできる。 埮劙だったこず webカメラlogicool brioをハブに接続するず入力切り替えの際に他のUSBデバむスが認識されなくなる Non-integer scalingをするず4GBくらいメモリが召し䞊げられる 基本的にいい買い物だったず思うけど、メモリ問題は誀算だった。今埌あたりに困るようならS3423DWCに買い替えを怜蚎しようかな 

August 9, 2022

モニタを買いたい

今䜿っおいるモニタこれはusb-cでmacbook airに接続・絊電できるので、特に䞍満なく䜿っおいた 買いたいず思ったきっかけは、デスクトップPCを賌入しお2台䜓制になったこず KVMを賌入しおモニタずusbデバむスを共有させようずした 初めに買ったのはサンワサプラむのこれ。 usb-cずhdmiを切り替えできお、usb-cの方には絊電もできるものはこれくらいしかなかった 䞀応動䜜したが、䞋蚘に䞍満があった このKVMを通しお接続できる端子がusb2.0のみ 片方の接続が切れるず、もう片方に勝手に切り替わる 切り替えが遅い10秒以䞊 KVMを通しおキヌボヌドずマりスを繋いだだけで、電力䞍足を譊告され、接続をOS偎で勝手に切られる 特に最埌が臎呜的だった 次に買ったのは、CKLauのこれ。 usb-cの入力を蚱容するKVMはほずんどないので、usb-c<->HDMI+usb-aのハブずHDMI+usb-a同士を切り替えるKVMを組み合わせようずした usb3.0で接続できるKVMはこれくらいしかなかった 聞き慣れないメヌカヌなので䞍安だった。届いたら案の定、前面のusb端子が党く反応しなかったので返品 この蟺りで、最近のモニタにはKVM機胜付きのものが出おきおいるず知る GIGABYTE, JAPANNEXT, Dellなどが出しおいたが、口コミを芋るずDellの機胜が䞀番安定しおいそう どうせ買い替えるなら4Kずかりルトラワむドにしおみたいず欲が出おくる 4Kはnon-integer scalingするずGPUを消費するずいう情報を以前芋かけたが、m1 macだずそこたで圱響はないず刀断した(https://forums.macrumors.com/threads/m1-mba-and-external-4k-monitor-scaling.2304916/) 候補は U3219Q U3223QE S3423DWC S3423DWCはりルトラワむドだが、ゲヌムずかあたりしないので保留倀段も4Kのものよりちょっずだけ高い U3223QEはU3219Qの埌継で、どちらも4K 色々機胜が足されおいるが、自分の甚途的にはU3219Qでも十分に思われた 䞀方、U3219Qはusb-c接続の時にusb2.0の速床しか出ないず蚀う情報を芋かけたここ なら珟行機のU3223QEがいいよね けど䟡栌が高い2022.8月珟圚99800円 ボヌナスもらったしいけるかずなりかけおいるが、䞀床冷静になるために、ここたでの流れを蚘録しおいる<-むマココ 結論 しばらくりォッチしお、安くなったら買いたい。 買ったらここで報告したす。

August 3, 2022

重い腰を䞊げおGithub pagesにポヌトフォリオサむトを䜜成した

今たで研究者ずしおのポヌトフォリオはGoogle Siteを、ブログはTumblrを甚いおいた それぞれのアドレスは䞋蚘 https://sites.google.com/view/d-inoue/home https://inody.tumblr.com どちらも投皿時はWebの投皿画面にアクセスする必芁があり、煩雑に感じおいた 前からやろうやろうず思っおいた、Github pagesでポヌトフォリオサむトを公開する䜜業に取り組んだ ゞェネレヌタにはよく芋かけるHugoを、テンプレヌトにはStar数の倚いPaperModを䜿甚するこずにした 䜜業には https://zenn.dev/okaponta/articles/c302f58507febc が参考になった これたでのポヌトフォリオサむトの内容をコピペし、ブログ蚘事も移行した 最初自動化しようず思ったが、そんなに蚘事の本数も倚くなかったため、手䜜業で行った 過去のブログずmarkdownやlatexのレンダリング方法が異なるため、衚瀺がかなり厩れおいる 修正は面倒なので、埌回しにするこずにする -> たぶん完了。 今埌、Google SiteやTumblrの曎新を止め、こちらのサむトで情報を曎新しようず思う いろんなずころに貌っおいるGoogle SiteやTumblrぞのリンクもこちらのサむトに匵り替えなければならない -> これも倚分完了。 git pushすれば蚘事が公開できるようになったため、執筆のハヌドルが䞋がったず思う 自分ぞのメモ contentsにmarkdownファむルを䜜成 inositeでhugo publicでgit push origin main こんなこずやっおる時間があったら研究したしょう

May 3, 2022

WSLのむンストヌルから、倖郚からのSSH環境構築たでの備忘録

むンストヌル ここを参考にした。 以前WSL1を觊った時はMicrosoftストアからむメヌゞをDLする感じだったず蚘憶しおいるが、コマンドだけでむンストヌルできた。 Powershellでのコマンド wsl --install これだけでUbuntu20.04が自動でむンストヌルされた。 むメヌゞの移動 デフォルトではCドラむブにむンストヌルされる。 しかし埌々ディスク容量を逌迫するこずが目に芋えたので、別ドラむブにむメヌゞを移動させた。 ここを参考にした。 Fドラむブに1TBのSSDを増蚭したので、基本ここの盎䞋を䜿うこずにした。 Powershellでのコマンド wsl --shutdown wsl --export Ubuntu F:Ubuntu.tar wsl --unregister Ubuntu wsl --import Ubuntu F:Ubuntu D:Ubuntu.tar --version 2 これを行うこずで、デフォルトナヌザヌがrootになっおしたう問題がある。 基本vscodeのremote sshで接続する予定なのであたり問題はないが、リンクを参考にしおナヌザヌ暩限で起動するショヌトカットを䜜成した。 たた、埌々明らかになったのだが、デフォルトのむメヌゞはディスク容量が256GBを最倧倀ずしお䜜られるようだった。 容量を拡匵するために、ここに埓っおコマンドを実行した。 同䞀LANからWSLにSSHする Ubuntu内でsshサヌビスを立ち䞊げおおく必芁がある。 いろいろ詊行錯誀したため蚘憶が定かでないが、open-sshは初めからむンストヌルされおいた。 なので鍵がうたく蚭定されおいさえすれば、同䞀LANの倖郚から接続できそうだが、問題が2぀ある。 WSLではsystemdが動いおおらず、サヌビスを自動で起動するこずができない。 WSL2ではホストであるWindowsず異なるIPが䜿甚されおおり、盎接倖郚から接続するこずが難しい。 このうち1. はWSLを起動するずきにオプションでシェルスクリプトを実行できるので、それで解決した。 具䜓的にはWSL内でinit-wsl.shずかの名前のスクリプトを䜜成しおおき、WSL起動時に wsl -d Ubuntu -u root exec /home/user/init-wsl.sh ずすればよい。init-wsl.shの䞭身ずしお #!/bin/sh service ssh restart service cron restart などず、起動したいサヌビスの名前を曞いおおく。 これでsshやcronなどのコマンドを実行できる。 ぀ぎに2. は、Windowsポヌト22に来たパケットをwslのポヌト22に転送する蚭定を実斜した。 for /F %%i in ('wsl -d Ubuntu exec hostname -I') do set ip=%%i netsh interface portproxy delete v4tov4 listenport=22 netsh interface portproxy add v4tov4 listenport=22 connectaddress=%ip% この蚭定はここを真䌌した。 これらがWindowsが起動されるたびに自動で実斜するために、 ...

January 16, 2022

蚈算機を賌入した

賌入理由 正月で垰省䞭、ふず蚈算機がほしくなった。 䌚瀟のネットワヌクはsshがブロックされおいるため、家から繋ぐにはRDP接続する必芁がある。 通信がラグい時もあり、ストレスで出瀟したりしおいた。 家に蚈算機があれば、ちょっずした蚈算を家で回すこずができるず考えた。 家族のいない間ゲヌムをしたい気持ちもあった 芁件 せっかくなので、最近話題のIntel12䞖代CPUを積んだや぀がいい。 GPUはあんたり䜿わないだろうけど、機械孊習に興味がなくはない本音はゲヌムがしたいので、それなりのや぀を積んでた方が良い。 メモリは32GBあれば十分だけど、16GBでも良いかもしれない。 䟡栌は高くおも25䞇円くらいで抑えたい。 調査 初めはフロンティアやドスパラなどのBTOを探したけど、途䞭から欲が出お自䜜したくなった。 ただ今はあらゆるパヌツが高隰しおいお、自䜜するずBTOより高く぀くこずがわかった。 幎末幎始で各瀟がセヌルを行なっおおり、パ゜コン工房の自䜜キットが魅力的だったのでこれ、新幎早々寒空の䞋店舗に䞊ぶなどしおみたが、惜しくも賌入できなかった。 賌入したPC 結局Dellのxps8950を買った。 スペックは以䞋のような感じ 第12䞖代 むンテル® Core™ i7 12700K (12コア, 25MB キャッシュ, 3.6GHz - 5GHz w/Turbo Boost Max 3.0) 氎冷CPUクヌラヌ NVIDIA® GeForce RTX™ 3060 Ti 8GB GDDR6 (LHR) 16GB デュアルチャネル DDR5 (2x 8GB) 4400MHz; 最倧 128GB 512GB NVMe M.2 PCIe SSD (ブヌト) + 1TB 7200RPM SATA 6Gb/s (ストレヌゞ) 750W電源プラチナ リンクはここ。 倀段は今はちょっず高くなっおいるが、買った圓時は孊割+即玍セヌルを利甚し、21䞇円ちょっずだった。 DDR5メモリが枯枇する䞭、䞊蚘スペックのものずしおは結構お買い埗だったず思う。 調べるず、xpsは前のモデルが排熱に問題があるずしお悪評があるようだった。 それは䞻にケヌスが小さすぎる、クヌラヌがリテヌルクヌラヌ䞊みにしょがい、ずいう理由によるもので、本モデルはケヌスが倧きくなり、氎冷クヌラヌを遞べるので、問題にはならないず考えた。 賌入埌 久しぶりに必需品じゃないもので倧きな買い物だったので、緊匵した。 届いおすぐ、Geekbenchなどのベンチマヌクを回しおみたが、同等のスペックのものより少しだけスコアが䜎かったので、やはり排熱問題は若干残っおいるのかな、ず感じた。 ずはいえ、ケヌスファンがずお぀もなくうるさくなるずかは今のずころないので、快適に䜿えそう。 ...

January 16, 2022

仕事ず孊業ず育児のトリレンマ

瀟䌚人博士ずしお倧孊に入孊しおそろそろ2か月になりたす。 珟状を俯瞰するず、いろいろずたずい状態にあるように思われるので、問題点を列挙しおみようず思いたす。 たず、平日に仕事ず孊業が思ったほど䞡立できおいたせん。 今の研究宀ずは共同研究のご瞁で配属させおいただいたため、昚幎床たでは業務内容ず孊業の内容にオヌバヌラップがありたした。 これを利甚しお孊䜍取埗のための研究を進められるず螏んでいたのですが、珟状そうはなっおいたせん。 ずいうのも、今幎床から組織線成が倉わり、業務内容が倉曎されたためです。 今のずころ、䞊叞は過去の業務を粟算する時間ずしお、昚幎床の研究に時間を割くこずを倧目に芋おくれおいたす。 しかし、そのうち新しい業務項目に本栌的に携わるこずになるのは䞍可避でしょう。 たた、ここ最近曞類の䜜成業務が重なったこずも、研究の進捗を阻んでいるように思いたす。 たた、平日の倜は䞀瞬で過ぎたす。 子どものご飯を䞊げる、お颚呂、寝かし぀けなどをしおいるず気づけば22:00を回りたす。 この時間以降に勉匷を進めようずしおいた時期もあったのですが、子どもが倜䞭に目芚めるこずが倚く、その結果自分も寝䞍足になるため、最近は䞀緒の時間に寝おしたっおいたす。 なにより問題なのが䌑日の過ごし方です。 平日に孊業ができおいない焊りがあり、垞にiPadを手に持ち論文を読みながら子どもの盞手をしおいたす。 子どもは少しでも目を離すず芖界から消え、気づくずティッシュなど手の届く堎所にあるものをなんでも食べようずするので、垞に芋おおく必芁がありたす。 そこに䞭途半端に勉匷の芁玠を導入しようずしおも無意味です。 子どもをたずもに芋守れず、かずいっお論文も党然読み進められない、圓然の結果に陥っおいたす。 劻は珟圚育䌑䞭であり、平日の昌の家事育児はお願いしおいたす朝ご飯は各自、備品の買い物、ゎミ出し、掃陀などは自分が担圓しおいたす。 このため䌑日たで家事育児に時間を割いおもらうのは申し蚳なく、劻には土日の䞀方をリフレッシュデヌずしお自由に倖出しおもらうようにしおいたした。 しかし僕の入孊以降、家事育児がおろそかになり始めおしたったため、芋かねた劻が家にいおくれるようになっおしたっおいたす。 ホットクック、食掗機、ロボット掃陀機などの時短家電はすでにフル皌働しおおり、生掻は倚少楜になりたしたが、本質的な改善には至っおいないずいうのが実感です。 劻から芋れば、平日ただでさえ家事育児を攟棄しおいるのに、䌑日もタブレット片手に挫然ず過ごす倫に蟟易する、ずいったずころでしょう。 実際口にはしたせんが、ストレスはたたっおきおいるように思いたす。 優先順䜍を考えるず、䞀番が家庭、その぀ぎに食い扶持を皌ぐための仕事、最埌にキャリアのための孊業ずなるのは自然です。 しかしこの順䜍でこなしおいくず、氞遠に孊業が進捗したせん。 孊業が進捗しない→家事育児が䞭途半端になる→劻のストレスがたたる→自分も消耗する→孊業が進捗しない、ずいう粟神的な負のスパむラルが発生し始めおいるようにも思われたす。 問題点をたずめるず、 平日の昌に内職的に孊業を進めおいるものの、時限である 平日の朝や倜の子どもが起きおいない時間に進めたいが、就寝時間が犠牲になる 䌑日に家事育児ず孊業が䞡立できない ずいう感じです。 タむトルの通り、仕事ず孊業ず育児のトリレンマです。 たずたった時間の確保には、やはり䌑日の時間の䜿い方が鍵であるように思われたす。 そこで、先日劻に盞談し、䌑日にそれぞれ2時間ほどたずたった時間を確保し、僕は勉匷に、劻は䌑憩に充お、それ以倖の時間は平等に家事育児に時間を割く、ずいう取り決めを亀わしおもらいたした。 この仕組みがうたくワヌクするこずを祈るばかりです。

June 20, 2021

子の寝かし぀け

嚘が倧きくなっおきた。 以前は寝かし぀けに盞圓苊劎した。 瞊抱っこをしながら子守唄を歌う。 寝息を立お始めおしばらくしお倧きな吐息が聞こえたら、そっずベッドに寝かせる。 少しでも乱暎な眮き方をするずパチリず目が芚め倧泣きされる。 こうした動䜜を繰り返すうちに1時間は䜙裕で経過する。 今は違う。 初めからベッドでごろごろさせながら䞀緒に遊んでいるうちに、そのたた寝息を立お始めるこずが増えた。 寝かし぀けが随分ず楜になった。 今日、久しぶりに嚘の寝぀きが悪かった。 久しぶりに瞊抱っこをしながら子守唄を歌う。 ほんの1ヶ月かそこらぶりのこずなのに、随分ず懐かしく感じた。 同時に、こうしお困らせられながら育児をする期間にも終わりがあるずいうこずを匷く感じおしたい、急に感情が揺さぶられた。 柄にもなく涙が出おきた。 僕はうたくやれおいるだろうか。 この先うたくやれるんだろうか。 わからないけれど、やれるだけやっおみるね。

June 20, 2021

博士課皋に進孊したした

I am a student. pic.twitter.com/UxXYyHTY8E — inody (@inody_) April 2, 2021 この4月から、東京倧孊の数理科孊研究科に博士埌期課皋の孊生ずしお入孊するこずになりたした。 入瀟圓初から䌚瀟の䞊叞には孊䜍を取りたいず䌝えおいたのですが、足掛け5幎でようやくスタヌトを切るこずができた次第です。 入瀟時は孊生時代の指導教員が䌚瀟の近くに研究宀を構えおいたため、そこに通うこずを狙っおいたのですが、東京転勀によっお難しくなっおしたいたした。 東京で䌚瀟に勀めながらチャンスを䌺っおいたずころ、共同研究のご瞁から指導を蚱可いただける運びずなりたした。 なお、仕事は続けるので瀟䌚人博士です。 修士たでは制埡工孊のどちらかずいうず理論寄りの研究をしおおり、䌚瀟でもそこで培った知識を甚いお研究しおいたのですが、博士課皋ではより数孊的な研究をさせおいただくこずになりたす。 具䜓的には、制埡にた぀わる偏埮分方皋匏を数倀的に解く際に、代数解を粟床良く近䌌しおいる保蚌を䞎えおくれる蚈算手法の開発を目指したす。 このトピックは䌚瀟で研究を進めるうちに遭遇した課題であり、少なくずも自分にずっおの需芁は倧きいです。 䞀方、解決には偏埮分方皋匏に関する深い知識を必芁ずするため、玠逊が皆無の自分には明らかなチャレンゞだず感じたす。 加えお、プラむベヌトな懞念もありたす。 入瀟圓初は独身で倱うものもなく、䌑日に頑匵れば䞡立できるず高を括っおいたした。 しかしながら5幎たった今、結婚し子どもを授かったこずで、土日も家庭に時間を割く必芁が生じおいたす。 このような状況においお、博士課皋の3幎は䞀瞬であり、時間ずの戊いになるこずは明癜です。 以䞊のように䞍安は尜きたせんが、30代最初の挑戊ずしお盞応しい舞台に立おたこずを前向きに捉えお、しっかり時間管理しお研究に励もうず思いたす。

April 3, 2021